A criopreservação é um processo de congelação a temperaturas criogénicas (normalmente recorrendo a azoto líquido). Para que o processo seja mais eficaz e a recuperação e viabilidade das células criopreservadas após descongelamento seja  a melhor possível torna-se essencial o seu isolamento a partir do seu tecido original e a sua  preservação a temperaturas abaixo dos -150ºC.
Desta forma, o processo de armazenamento das células estaminais isoladas a partir do sangue do cordão umbilical (células estaminais hematopoiéticas) é iniciado com a redução de volume da amostra. Neste processo são separados os glóbulos vermelhos e o plasma pobre, das células estaminais. Esta redução é efectuado por forma a diminuir o volume final de armazenagem e permitir utilizar menores quantidades de DMSO (um criopreservante que impede a destruição das células a temperaturas baixas).
À chegada ao laboratório, é retirada uma amostra de sangue para determinar a viabilidade das células do sangue de cordão umbilical e o número de células estaminais hematopoiéticas.
O processo de armazenamento das células estaminais isoladas a partir do tecido do cordão umbilical (células estaminais mesenquimais) inicia-se com a separação destas células das restantes células que fazem parte do cordão umbilical, através de uma digestão enzimática do cordão. Estas células são posteriormente colocadas num meio de cultura que permitirá a sua multiplicação.
As células isoladas do cordão umbilical são sujeitas a um rigoroso controlo de qualidade através de análise morfológica e por citometria de fluxo.
Este controlo permite confirmar que as células isoladas são células estaminais mesenquimais.
Após a separação das células estaminais inicia-se o processo de criopreservação com descida controlada da temperatura. Após esta operação, a amostra é mantida em tanque de azoto líquido durante o tempo de duração do contrato ou até ser requisitada.
As células são então criopreservadas.